Wyższy Instytut Wiedzy Religijnej był poprzednikiem Instytutu Studiów Wyższych. erygowany został w 1987 roku przez ks. biskupa Ignacego Jeża, ówczesnego biskupa diecezjalnego. Siedzibą uczelni była Parafia Św. Ducha w Koszalinie.
Równolegle działało Diecezjalne Kolegium Teologiczne, prowadzące trzyletnie studia zawodowe (licencjackie). Odpowiedni poziom nauczania gwarantowały w tamtym czasie umowy zawierane z Papieskim Wydziałem Teologicznym w Poznaniu.
W 2000 WIWR został przekształcony w Instytut Teologiczny, nadal podlegający Wydziałowi Teologicznemu UAM. Następnie podjęto decyzję o umieszczeniu Instytutu Teologicznego w strukturach Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Szczecińskiego, a następnie w ramach Papieskiego Wydziału Teologicznego w Warszawie. Obecnie studenci kształcą się w Instytucie Studiów Wyższych afiliowanym do Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Szczecińskiego.
Instytut Studiów Wyższych w Koszalinie afiliowany jest do Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Szczecińskiego i rządzi się przepisami Kodeksu Prawa Kanonicznego, zwłaszcza kanonami 807 820 , Konstytucją Apostolską Veritatis gaudium z 8 grudnia 2017 roku, postanowieniami Konkordatu między Stolicą Apostolską i Rzeczpospolitą Polską z 28 lipca 1993 roku oraz Instrukcją o afiliacji Instytutów Studiów Wyższych z 8 grudnia 2020 r. Od strony państwowej i uniwersyteckiej Instytut Studiów Wyższych kieruje się zasadami zawartymi w Ustawie 2.0 Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce z 20 lipca 2018 roku i w Statucie Uniwersytetu Szczecińskiego z 30 maja 2019 roku.
- Instytut jest afiliowany do Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Szczecińskiego decyzją Dykasterii ds. Kultury i Edukacji i odpowiada wymogom stawianym tego rodzaju instytutom kościelnym, a w swojej działalności rządzi się przepisami zawartymi w odpowiednich dokumentach kościelnych.
- Instytut jest powołany do organizacji, prowadzenia i koordynowania procesu kształcenia na kierunku studiów przyporządkowanych do dyscypliny nauk teologicznych i działa również na podstawie przepisów państwowych.
- Instytut jest kościelną publiczną osobą prawną.
